Primeiro esclarecer que o WHMCS não cobra Juros, é cobrado apenas uma Multa percentual ou fixa. Conforme documentação https://docs.whmcs.com/
É considerado uma multa ineficiente pois ela considera dias corridos e não dias úteis e isso pode causar problemas em seus negócios como falha na baixa automática, crédito indevido e até reclamações dos clientes.
Nas configurações de automação você determina a partir de quantos dias após fatura vencida será cobrada a multa.
Se você utiliza o módulo iugu boleto e determinou que seja cobrado Multa + Juros + Prazo para Pagamento é possível (e recomendado) que a multa que o WHMCS aplica na fatura seja removida!
No exemplo abaixo a multa cobrada pelo WHMCS (apenas nas faturas que esteja como iugu boleto) foi removida e assim não haverá geração de um novo boleto com um novo valor a ser pago.
Para habilitar o hook vá na pasta /includes/hooks/ e renomeie o arquivo removermultaiugu.desabilitado para removermultaiugu.php
Se porventura você desejar que além a multa/juros cobrados via módulo seja cobrado a multa que o WHMCS aplica (por sua conta em risco) basta excluir o arquivo removermultaiugu.php
IMPORTANTE: Poderá haver crédito indevido (se porventura o cliente pagar o boleto sem multa que o WHMCS aplicar).